EMC标准的另一个重要组成部分是由美国国防部发行的，适用于军事和航空航天设备的标准。1968年，（美国）国防部综合了各个部门众多不同的EMC标准，AD9943KCPZRL形成两个普遍适用的标准：MIL-STD-461规定了必须满足的限值，MIL-STD-462规定了做MIL-STD-461中试验的测试方法和测试程序。这些标准比FCC的规定更为严格，它们涵盖抗扰度以及30Hz～40GHz的频率范围内的发射。

   多年来，这些标准从1968年的MIL-STD-461A修订为1999年的MIL-STD-461E。1999年，MIL-STD-461D(限值)和MIL-STD-462D(测试程序)已合并为一个标准MIL-STD-461E，涵盖了限值和试验程序。

   不同于商业标准，MIL-STDs不是法律要求，更像是合同的要求。这样，协商、放弃测试限值都是有可能的。早期版本仍然适用于目前的产品，因为要求是合同上的不是法律上的。通常任何版本对指定的原始采购合同仍然适用。

   军用标准中规定的测试程序往往不同于商业EMC标准中的规定，这使得限值难以直接进行比较。对于电磁发射军用标准中规定在封闭室<屏蔽室）中进行测试，而FCC和欧盟的规则要求在开阔场地进行测试。对于传导发射的测试，军用标准最初测量电流，而商业标准测量电压。

   随着对EMC测试及其准确性越来越多的了解，军用标准已受到对它的一些测试程序的一些批评。因此，军用标准已采纳了一些商业测试的程序。例如，对传导发射的测试，MIL-STD-461E规定使用线路阻抗稳定网络(LISN)及测量电压而不测量电流。MIL-STD -461E也要求必须在室内墙壁上装一些吸波材料，用于发射和抗扰度测试，以消除部分反射。